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OS:WindowsXP

MySQL:4.0.16 が稼動している環境に4.1.10 をインストールし、同時に稼動する。
参考)http://dev.mysql.com/doc/mysql/ja/multiple-windows-services.html

1. フォルダ構成、ポートを調査
4.0.16 は c:\mysql, 3306 なので、
4.1.10 は c:\mysql41, 3307 にインストールする。

2. ダウンロード
mysql-4.1.10-win32.zip をmysqlのサイトからダウンロードして解凍。
もしダウンロードに失敗する場合はSoftAgencyのサイトからダウンロードすると速いし確実。

3. インストール
setup.exe を実行しインストーラの指示に従ってインストール。
途中で Setup Type 選択になったら Custom を選択、
インストールフォルダを C:\mysql41 にしてインストール。

4. 4.1.10 用設定ファイルを準備
1つの設定ファイルで全サーバーに対応する方法と、
サーバーごとに独立した設定ファイルを定義する、2通りの方法がある。
今回は前者の方法で行う。

場所はどこでもよいがmysqlのサイトに従い
C:\my-opts41.cnf
を作成し、このファイル内に以下の定義を行う。
(default-character-setは任意。日本語環境ならsjisかujisかutf8を指定する)

[mysqld]
basedir=C:/mysql41
datadir=C:/mysql41/data
port=3307
default-character-set=utf8
[mysql]
default-character-set=utf8
[mysqldump]
default-character-set=utf8

5. 自動起動サービス登録
サービス名は既にmysqlが登録されているので別のサービス名 mysqld41 で登録する。
DOSプロンプトを開き以下のコマンドでサービスに登録する。
>C:\mysql41\bin\mysqld-nt --install mysqld41 --defaults-file=C:\my-opts41.cnf

するとWindowsの設定-コントロールパネル-管理ツール-サービス に
mysqld41 が表示される。
これを右クリックして開始でサーバーが起動する。
もし起動時にエラーが発生すると
C:\mysql41\data\[ユーザーID].err
ファイルにエラーログが出力される。

6. サービスから削除
もしサービスから削除する場合は以下コマンドを実行する。
>C:\mysql41\bin\mysqld-nt --remove mysqld41

7. 各種クライアントの接続先を指定
たとえば mysqlshow コマンドを実行しても、4.0.16 の古い環境に接続してしまうため
Windowsではクライアントのコマンドを実行する際に接続するホスト名とポートを指定する。

mysqlshow コマンドを4.1.10 サーバーに接続して実行するには
>C:\mysql41\bin\mysqlshow --host=localhost --port=3307 --protocol=tcp -uroot -pXXXX
とする。
mysql コマンドも同様。

mysqlshow, mysql プログラムは新しくインストールした方を利用すれば問題は少ないだろう。

※補足
MySQLサーバーのバージョンを上げた場合はJDBCドライバも最新にしないと
接続できない場合がある。